De geschiedenis van het Heiligdom gaat terug tot het eind van de 14e eeuw. In die tijd vond een boer op zijn land een Mariabeeld. Hij nam dit mee naar huis, maar op miraculeuze wijze keerde het terug naar de plaats van vinding.
Rond dezelfde tijd raakte een schip in nood voor de kust ter hoogte van Heiloo. In zijn nood bad de schipper tot God. Hij hoorde boven het gebulder van de golven en het geraas van de wind een heldere vrouwenstem die zei: ‘Als ge mij gaat eren zal de wind gaan keren’.
De schipper herkende de stem van de Godsmoeder en beloofde zich voor haar verering in te zetten. Veilig aan land gekomen kwamen de beide verhalen bij elkaar en de plaats voor de bouw van de Genadekapel was daarmee gevonden.
Uit 1409 is er een document bewaard in het archief van het Aartsbisdom Utrecht dat spreekt over de ‘capelle in de banne van Heiligenloo’.
In de voorhof van de Genadekapel bevindt zich een put met heilzaam water. Tijdens de Reformatie werd de kapel verwoest en de put gedempt met puin van de kapel.
In 1713, ten tijde van veepest, welde met kracht water op vanonder het puin. De geschiedenis leert, dat de dieren die dronken van dit water de veepest overleefden.
In de volgende jaren naam de devotie wel verder af. Vanaf 1886 werden op aandrang van missiepaters de bedevaarten weer hervat. Na een aantal tijdelijke voorzieningen (vanaf 1909) werd in 1930 de definitieve Genadekapel gebouwd. De voorhof voor de kapel, waar zich de put bevindt, werd omsloten door een galerij. Op het terrein bevinden zich verder een kruisweg uit 1911, een vijver met rustaltaar en een calvarieberg.